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基因组与个体_论文论著
莫曾南教授课题组利用单细胞测序发现多种病理类型肾细胞癌新的分子标志物
来源:苏成   发布日期:2021-10-14
     202110月,基因组中心肾癌团队在肿瘤学领域Frontiers in Oncology杂志发表题为Single-cell RNA sequencing in multiple pathologic types of renal cell carcinoma revealed novel potential tumour-specific markers的文章。该文章对三种常见病理类型肾细胞癌(RCC)和正常肾脏进行了单细胞转录组测序,共54,214个高质量细胞数据进行分析,展示了不同病理类型肾细胞癌的转录组图谱和异质性。

RCC是异质性非常明显肿瘤,而肿瘤的异质性往往是导致肿瘤复发、转移和耐药的根源。临床上,即使在被认为可通过根治性肾切除术治愈的RCC病例中,手术后5~10年仍可发生复发和远处转移,而不同病理类型RCC的预后差异明显。因此,研究团队通过对肾透明细胞癌(ccRCC)、2型乳头状细胞癌(pRCC)和嫌色细胞癌(chRCC)等三种常见RCC病理类型的单细胞转录组研究,以期获得不同病类型RCC的分子特征和差异。

本研究收集了ccRCCpRCCchRCC三种病理类型共30,263个高质量的单细胞转录组信息。同时,作者对正常肾脏进行了单细胞RNA测序。通过分析揭示了不同病理类型RCC在单细胞转录组水平上的肿瘤特征和异质性。研究者发现并验证了不同病理类型RCC的一些新的与预后相关的肿瘤特异性标志物,如SPOCK1PTGISREG1ACPSPAG4,并且还首次发现以往报道的ccRCC特异性标志物NDUFA4L2同样在2pRCC的肿瘤细胞中高表达。在ccRCC2pRCC中发现并证实了两种新的内皮细胞类群存在,其中ccRCC中的一类内皮细胞显著表达成纤维细胞标志物,如POSTNCOL3A1,可能与内皮间质转化相关。同时,还揭示了不同病理类型RCC免疫微环境中成纤维细胞和免疫细胞的异质性及与肿瘤细胞之间的配受体关系。最后,文中利用单细胞转录组数据的结果,预测了不同病理类型RCC中药物靶向途径的激活情况和药物反应敏感性,对指导临床治疗具有一定的意义。

总之,本文的研究丰富了RCC的单细胞转录组学信息,并将为RCC的诊断和治疗提供新的见解。

                      

                              图1:多种病理类型肾细胞癌和肾脏的单细胞转录组图谱

 

本文章由基因组中心苏成,吕愉芳,鲁文浩和玉镇源共同完成。中心莫曾南教授与程继文教授为该文章的共同通讯作者。

文章链接:https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fonc.2021.719564/full


 

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